農委會於75年6月27日起，依文化資產保存法先後指定公告了19處自然保留區，並指定管理機關管理，以維護及管理台灣具有代表性的生態體系、或具有獨特地形地質意義、或具有基因保存永久觀察、教育研究價值之區域。

• 淡水河紅樹林：主要保護對象－水筆仔
• 關渡：主要保護對象－水鳥
• 坪林台灣油杉：新北市坪林區境內，主要保護對象－台灣油杉，台灣油杉分布於台東縣境內之枋寮山（海拔900公尺），大武山附近之大竹溪（海拔500公尺），與本區（指坪林附近之油杉保護區）呈南北兩端不連續分布。
• 哈盆：主要保護對象－天然闊葉林、山鳥、淡水魚類。位於新北宜蘭交界的哈盆一帶，地處偏僻，人為破壞少，是台灣地區少數仍保有低海拔原始闊葉林林相的區域之一
• 插天山：主要保護對象－櫟林帶、稀有動植物及其生態系。新北桃園交界處一帶有大面積的水青岡純林，本區也是此類植物在北半球分布的最南限
• 鴛鴦湖：
• 南澳闊葉樹林：
• 苗栗三義火炎山：
• 澎湖玄武岩：
• 阿里山台灣一葉蘭：
• 出雲山：
• 台東紅葉村台東蘇鐵：
• 高雄烏山頂泥火山：
• 大武山：
• 大武事業區台灣穗花杉：
• 挖子尾：
• 烏石鼻海岸：
• 墾丁高位珊瑚礁：
• 九九峰：